Storicamente presente in migliaia di individui formanti una cintura continua lungo le rive del Laghetto di Muzzano, la ninfea (Nymphaea alba), è sparita dalla riserva naturale. La scorsa primavera ne erano rimansti due soli nuclei per un totale di meno di dieci di individui. Al fine di scongiurare l'estinzione delle ninfee del laghetto di Muzzano, Pro Natura Ticino ha prelevato dei frammenti di rizomi per coltivarli e moltiplicarli in serra al Parco Botanico delle Isole di Brissago. Poiché la salvaguardia di questa pianta acquatica all'interno della riserva pare per il momento impossibile e il suo destino segnato, si vuole almeno preservarne la diversità genetica. La possibilità di introdurla di nuovo, tolte le cause del suo declino, rimane l'unica speranza di rivederla fiorire abbondantemente al laghetto di Muzzano. L'estremo regresso di questa pianta, già confrontata ad un elevato rischio di estinzione al sud delle Alpi, è dovuto principalmente all'insufficiente qualità delle acque del lago. Come per altri organismi ormai spariti dalla riserva o estinti per sempre, il carico eccessivo di sostanze nutrienti sciolte (soprattutto azoto e fosforo), comporta un peggioramento generale delle condizioni di vita, fino ad arrivare a dei veri e propri collassi periodici dell'ecosistema (come nel caso delle morie di pesce). Gli influssi negativi derivano dall'apporto di acque fognarie che ancor oggi finiscono nel laghetto in quantità troppo elevate. Da parecchi anni lo stato fortemente compromesso delle acque (eutrofizzazione) desta preoccupazioni, richiedendo interventi di risanamento. Le opere necessarie per la sua tutela, infatti, non sono ancora state portate a termine.

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