Suscita critiche il controprogetto indiretto messo in consultazione dal Consiglio federale all'iniziativa popolare per l'inclusione. Le organizzazioni di portatori di handicap e quasi tutti i partiti ritengono infatti necessari dei miglioramenti. La Federazione svizzera dei ciechi e deboli di vista (FSC) ritiene il controprogetto insufficiente, poco ambizioso e bisognoso di miglioramenti. Le persone con problemi di vista devono infatti subire il rifiuto di prestazioni d'aiuto essenziali, che permetterebbero loro di condurre una vita autonoma. Anche altre associazioni come Pro Infirmis, l'Aiuto Reciproco Svizzero Andicap (AGILE) e l'Unione centrale svizzera per il bene dei ciechi (UCBC) criticano il controprogetto.

Sul fronte partitico, il Centro lamenta che il Governo si concentri quasi esclusivamente sull'alloggio, escludendo dal controprogetto temi come la formazione, il lavoro e la mobilità. Inoltre, la definizione di handicap è molto ristretta e comprende soltanto persone a cui spettano delle prestazioni dell'Assicurazione invalidità (AI). Senza una chiara distinzione dei compiti tra Confederazione e Cantoni si crea inoltre un rischio di doppioni. Per il PLR il controprogetto pecca di applicabilità e di sostegno dei Cantoni. Si crea un rischio di inuguaglianza tra Cantoni, che potrebbero pure dover sostenere un peso maggiore, in quanto Berna non prevede prestazioni supplementari. Il PS accoglie invece favorevolmente il fatto che il Consiglio federale riconosca l'urgenza di agire in favore dell'uguaglianza di diritto e di fatto per le persone con handicap. 

Secondo l'UDC invece, le persone con un handicap in Svizzera sono già ben sostenute e rigetta pertanto gli "smisurati interventi statali" e i nuovi obblighi per i Cantoni, senza tenere conto delle conseguenze finanziarie. Le misure sono giudicate "insostenibili e non finanziabili", a maggior ragione vedendo la situazione "disastrosa" in cui versa l'AI. I democentristi perorano in alternativa maggiori aiuti per l'autonomia, come dei crediti a tempo per gli aiuti nella presa a carico e una partecipazione dei beneficiari ai costi. L'UDC ritiene "assolutamente scioccante" che i Cantoni debbano proporre una serie di misure di sostegno, quando nessuna nuova prestazione è prevista a livello federale. Per i Cantoni le nuove direttive rappresentano un intervento inutile nella struttura federale.